Le Japon s’est détaché du continent. Les chasseurs-cueilleurs s’aidaient d’outils de pierre.

Les hommes commençaient à se sédentariser et à se regrouper en villages.

La culture du riz s’était développée et le riz se conservait dans des greniers à céréales. Les hommes s’étaient regroupés en villages et ces villages se combattaient pour l’eau, la nourriture et les terres.

Dans cette période de guerres incessantes, Himiko (175-248), reine du pays de Yamatai à partir de 188, a unifié ces villages sous son autorité.

Le pays de Yamato (département de Nara) a uni tous les chefs locaux sous son autorité.

Le Yamato a établi son palais royal à Asuka (sud de la cuvette de Nara). On peut vraiment parler d’un pouvoir central et d’une famille impériale regnant sur le Japon.

La capitale, où résidait l’empereur, s’est établie à Heijokyo, actuelle Nara. Les lois se posaient comme fondement de la nation et de la société.

La capitale a déménagé à Heiankyo, actuelle Kyoto. C’était l’âge d’or de la noblesse impériale et une période de paix et de prospérité. Mais dans les provinces, des paysans étaient mécontents. Ils se sont groupés et se sont armés. Ils ont ainsi fondé un contrepouvoir militaire qui a peu à peu dominé le pouvoir impérial. La famille Taira puis la famille Minamoto ont ainsi pris le pouvoir réel.

Après avoir battu le clan Taira, Minamoto no Yoritomo s’est installé à Kamakura ou il a fondé le pouvoir militaire, shogunat de Kamakura, en parallèle de la cour impériale de Kyoto. Après sa mort, de violentes lutte de pouvoirs intestines ont eu lieu de manières sporadiques entre différents vassaux et le shogunat y a perdu de son autorité. Dans le même temps, la cour impériale connaissait de nombreuses querelles de succession. L’empereur Godaigo voulait remettre la cour impérial au coeur du pouvoir réel. Le shogunat est tombé quand Ashikaga Takauji, vassal important, s’est opposé à sa domination.

L’empereur Godaigo voulait remettre la cour impériale au centre du pouvoir réel après la chute du Shogunat de Kamakura. Mais les militaires ont vite été mécontents et en conséquence, Ashikaga Takauji, seigneur militaire, a déposé l’empereur. Godaigo s’est par la suite enfui à Yoshino (département de Nara). Ashikaga Takauji a installé l’empereur Komei et a fondé son pouvoir militaire à Kyoto. La cour du Sud, installée à Yoshino, a combattu la cour du Nord, Kyoto. Les provinces se sont trouvées divisées pour un conflit qui allait durer plusieurs dizaines d’années.

Alors que les cours du Sud et du Nord s’affrontait, Ashikaga Yoshimitsu, petit fils de Ashikaga Takauji s’est installé à Muromachi, Kyoto dans son « palais des fleurs ». Fin politique, il a ensuite réussi à réunir les cours du Nord et du Sud. Le pouvoir politique du shogun s’est élevé au dessus de celui de l’empereur et de ses nobles. Les seigneurs féodaux ont dirigé les provinces et le pays est pacifié.

Le pouvoir est tombé dans le déclin après l’assassinat d’Ashikaga Yoshinobu, sixième shogun, en 1441. Les seigneurs féodaux puissants ont commencé à se quereller et leur dispute s’est crystalisée dans la guerre d’Onin de 1467 à 1477. Cette guerre s’est même déroulée à Kyoto, détruite, ce qui a d’autant plus fait perdre au shogunat son prestige. Les seigneurs locaux se sont émancipés, guerroyaient contre leurs voisins et accroissaient leurs domaines jusqu’à obtenir de vastes zones sous leurs autorités.

Oda Nobunaga (1534-1582) était l’héritier légitime d’un seigneur du sud ouest d’Owari (ouest du département d’Aichi) et a entrepris de réunifier le pays. Il a d’abord assis son autorité en terrassant Imakawa Yoshimoto de Suruga (département de Shizuoka), grand seigneur très influent de l’époque, alors que ce dernier marchait militairement sur Kyoto. Il a ensuite étendu son fief à Inuyama en éliminant Oda Nobukiyo, seigneur local puis a conclu une alliance avec Tokugawa Ieyasu, de Mikawa (est du département d’Aichi). Il a éliminé le clan Saito et a fait de leur ancien fief Mino (département de Gifu) son lieu de résidence. Il a marché sur Kyoto avec le shogun Ashikaga Yoshiaki pour restaurer son autorité perdue. Mais alors que ce dernier a voulu par la suite s’émanciper, Oda Nobunaga l’a expulsé de la province de Kinai après avoir découvert son complot avec d’autres seigneurs.

Après avoir expulsé Yoshiaki, Nobunaga s’est installé à Azuchi près de Kyoto où il a bâti un magnifique château. Il a peu à peu affirmé son autorité sur les seigneurs de chaque province. Malheureusement il est assassiné en 1582 par l’un de ses vassaux, Akechi Mitsuhide, à Honnoji.

Toyotomi Hideyoshi, vassal plus fidèle, l’a vengé en vainquant Mitsuhide puis, s’est déclaré son héritier en reprenant son projet d’unifier le Japon. Il a fondé le château d’Osaka puis s’y est établi. De son côté, Oda Nobukatsu, deuxième fils de Nobunaga, s’est allié à Tokugawa Ieyasu. La campagne de Komaki, querelle de succession, a lieu en 1584. Nobukatsu et Ieyasu étaient en supériorité mais après des pourparlers, Hideyoshi et Nobukatsu se sont réconciliés tandis que Ieyasu s’est retiré. Hideyoshi a conservé son pouvoir, l’a consolidé et la pacifié pendant son gouvernement militaire qui en a suivi.

Après la mort de Hideyoshi en 1598, Tokugawa Ieyasu a accru son pouvoir et s’est émancipé de son testament (succession par son jeune fils Hideyori). Ishida Mitsunari voulait au contraire le respecter et a levé une armée pour soumettre Ieyasu. Ils se sont ainsi combattus à Sekigahara (département de Gifu) en 1600. L’armée de l’ouest, commandée par Mitsunari comportait 84.000 soldats et l’armée de l’est, commandée par Ieyasu, 74.000 soldats lors de cette grande bataille. Mais alors que défection et trahisons se multipliaient chez Mitsunari, la bataille a tournée en quelques heures à l’avantage d’Ieyasu. Ieyasu est sorti vainqueur de la querelle de succession.

Vainqueur de la bataille de Sekigahara, Ieyasu a hérité de la réalité du pouvoir. Il a pris Edo comme capitale de son shogunat. Pour assoir son pouvoir, il a réprimé les seigneurs récalcitrants en déposant leurs lignées, puis en confisquant et en redistribuant leurs terres. Après avoir défait les Toyotomi après la campagne d’Osaka en 1615, le shogunat a, entre autre, instauré la loi  d’ « une province un château » pour d’autant mieux contrôler ses vassaux.

Mais les civils étaient souvent mécontents de ce gouvernement militaire et les révoltes étaient fréquentes. Les samourais, sans maîtres quand ceux-ci était déchus, devenaient ronins et faisaient régner une certaine insécurité. L’autorité du gouvernement militaire en était continuellement contestée.

Pour y remédier, le shogunat a entrepris de convertir les samourais à la culture raffinée et à la verticalité. Il s’est voulu un shogunat protecteur de la population, surtout lors des désastres naturels et des famines. C’était la Pax Tokugawa.

Mais alors que le Japon s’était fortement fermé aux relations extérieux, il y est à nouveau forcé par les Occidentaux au milieu du 19ème siècle. Certains seigneurs en ont été mécontents, ont considéré le shogunat faible et ont donc entrepris de le renverser. Choshu (département de Yamaguchi), Satsuma (département de Kagoshima) ont combattu les Occidentaux (batailles de Shimonoseki et bombardement de Kagoshima). Ces provinces ont alors compris la différence de puissance entre le Japon et les pays occidentaux.

Le shogun Yoshinobu rend la réalité du pouvoir à la maison impériale pour éviter la guerre civile. Ses opposants se sont alors empressés d’acter officiellement sa démission et de promulguer l’acte officiel de restauration du pouvoir impérial. Les partisans de l’ancien pouvoir shogunal se sont rebellé lors de la guerre de Boshin. Ils se sont engagés dans plusieurs batailles comme à Toba-Fushimi jusqu’à perdre définitivement à la forteresse de Hakodate.

Alors qu’il était en pleine guerre civile avec l’ancien shogunat, le nouveau pouvoir impérial a promulgué la Charte du serment pour assoir son autorité. Il a renommé Edo en Tokyo, littéralement capitale de l’est. Le nom de l’ère a été changé en Meiji, littéralement ère de « restauration éclairée ». Tokyo est donc devenue la nouvelle capitale de l’empire. L’empereur et son gouvernement y ont déménagé. Les métiers sont devenus libres. Les provinces sont abolies et les départements proclamés. Les département ont servi dès lors d’antennes au pouvoir central qui y envoyait des fonctionnaires.

Dans ce nouveau système, si l’on excepte la noblesse impériale et la noblesse shogunale ayant fusionnées pour donner la noblesse « kazoku » et les militaires qui ont formé une autre classe distincte, la société était quasiment devenue égalitaire. Les paysans et les citadins ultramajoritaires, étaient autrefois soumis à des castes sociales cloisonnées. Par exemple de mesures égalitaire, les samourais pouvaient autrefois porter deux sabres à leurs ceintures mais le nouveau pouvoir a interdit cet ancien privilège sauf exception.