日本群島仍與歐亞大陸毗連，人們使用石器，靠狩獵和採集維生。

人們在各地定居，聚落開始成形。

稻作比重提升，人們已可儲藏稻米，但也導致聚落間因土地、水、農作物爆發戰事。

在戰事頻頻之際，據信邪馬台國的卑彌呼以女王身分統一了天下。

在大和地區（奈良縣），「大和政權」站穩腳步，整合了各地領袖。

大和政權在飛鳥（奈良盆地南部）建造皇宮，成為實質性統治日本的王朝（朝廷）。

此時期在奈良建設了都城（朝廷所在之處）「平城京」，以律令（法律）奠定國家和社會的基礎。

此時期遷都至京都的平安京，邁入公家社會（「公家」指效力於朝廷之權貴及官員）的全盛期，是為太平時世。不過，地方農民的不滿聲浪漸強，最終集結成武裝團體（武士團）；武士團的軍事力量勝過朝廷權威。其中平清盛所領銜的平氏尤是主權在握，但其後遭源賴朝所領軍的源氏所覆滅。

源賴朝滅亡平氏後，以鎌倉為大本營建立武家政權（鎌倉幕府），與京都的朝廷同時並立。然在賴朝死後，過往為幕府效力的家臣間陸續引爆激烈的權力爭執，幕府逐漸喪失向心力。同一時期，朝廷也面對著皇位繼承的問題；後醍醐天皇為了收復朝廷權力，動身討伐幕府。在這場戰役之中，幕府因重量級家臣足利尊氏叛變，最終遭到滅亡。

鎌倉幕府滅亡後，後醍醐天皇令朝廷主導政事（建武新政），但在武士的反抗下遭足利尊氏等人擊潰，逃往吉野（奈良縣）。另一方面，尊氏則擁立光明天皇，以京都為總據點，推行武家治理方針。此後，吉野的南朝便與京都的北朝相互對立。最終，各地的武士團也釀成勢力爭霸戰，這場大亂共持續了數十載。

在南北朝僵持之際，足利尊氏之孫足利義滿，在京都的室町打造了稱為「花之御所」的宅邸，在該處理政務，使室町幕府名實相符地誕生。接著，義滿透過強大的政治力量，使南北朝合併統一。武家政權就此凌駕於天皇和公家之上，武士成為日本的統治者，將軍和統治地方的領主（大名）聯手，政局步向穩定。

不過，在第六代將軍足利義教遭人暗殺後，將軍的凝聚力量跌墜，重量級大名爭奪主導權等，導致地方大名和農民也被捲入其中，演變成兩大派系的戰事（應仁之亂）。這場戰亂持續長達11年，京都因成為主戰場而荒廢，幕府也力量漸失。接著，各地獨攬統治權的大名，與其周遭的大名相爭，並逐步擴張領國，成為統一廣大地域的權力單位。

於此之中，織田信長差一點就成功統一天下。信長生為尾張（愛知縣西部）西南部一位地方大名的嫡長子，他甫繼承家業，便出兵拿下駿河（靜岡縣）的今川義元，並與三河（愛知縣東部）的德川家康結盟等，漸次鞏固其在尾張的支配力道。他擊敗犬山城的織田信清，統一了尾張。其後，信長滅亡美濃（歧阜縣）的齋藤氏，以歧阜為據點，一步步擴張勢力。接著，信長將失去實權後在各地漂泊的足利義昭迎入京都，封為將軍，令幕府再度興起。然而，義昭卻違反信長之意擅自為政，最終召集其他大名試圖扳倒信長，因而遭逐出京城。

信長驅逐義昭後，在京都附近的安土地區興建宏偉的城池（安土城）；他逐漸令各地大名俯首聽命，卻遭其家臣明智光秀襲擊，在京都的本能寺殞命。

信長的家臣豐臣秀吉承其衣缽，統一了天下。秀吉伐倒主君之敵光秀，確立了信長繼承者的地位。其後，秀吉欲建設大阪城，但遭到信長次男信雄抵抗。信雄找來信長昔日同盟德川家康助陣，在濃尾的國境與秀吉對峙（小牧．長久手之戰）。戰事持續超過半年，家康與信雄軍原本較占優勢，但秀吉與信雄講和，家康也跟著撤軍，戰事劃下句點。其後秀吉在僅僅8年間成功一統天下，建構了穩定的統治體系。

然在秀吉死後，德川家康違反秀吉所定下的規範，攬權專政、日漸強大。面對此況，石田三成等人為維護法統而舉兵討伐。家康得知此事，也命反對石田的眾大名出兵，討伐三成。兩軍在關原（岐阜縣）對峙（關原之戰）。據信三成軍（西軍）兵力約達8萬4000人，家康軍（東軍）則約7萬4000人，是為一大決戰。然而，三成軍卻相繼出現武將叛變、武將拒絕參戰等情事，持續數鐘頭的戰役，由家康軍的壓倒性勝利拉下帷幕。

德川家康在贏得關原之戰後確立霸權，以江戶為總據點，樹立了武家政權（江戶幕府）。接著，他向敵對的家臣、不服從幕府的家臣降下嚴懲，剝奪領地、身分以殲滅各家，藉由充滿武力的權威，逐步管控家臣。幕府在對戰豐臣家（大阪之陣）時將之消滅，其後頒佈法令《一國一城令》、《武家諸法度》等，對家臣的管轄日益強硬。

不過，當民眾苦於領主的武力統治，武裝起義反抗，本就不算罕事。此外，因幕府清算主君而失去效力對象的武士（無主武士）使得治安惡化，也導致反幕府事件更加容易擦槍走火。

為此，幕府改正了過往的武家價值觀，不再透過威武恫嚇，轉而重視禮儀，以求維繫階級秩序。其後，國家（幕府）數度跨越了自然災害和饑荒，變得比從前更加守護民眾。就這樣，人稱「德川和平」（Pax Tokugawana）的太平時代降臨了。

不過，向來只與特定國家進行貿易的幕府，承受著歐美各國要求開國的壓力，產生了大幅動盪。幕府為迴避戰爭而同意開國，但某些武士對於此種姿態感到不滿，漸有人士積極主張擊退異國，且應打倒軟弱的幕府。接著，攘夷志士在長州（山口縣）和薩摩（鹿兒島縣）與歐美軍隊爆發交戰情事（下關事件、薩英戰爭）。兩場戰役皆吃下敗仗，使眾人痛切體會歐美強大的軍事能力，而將方針轉向倒幕。

將軍慶喜遭倒幕派逼至窮途末路，為了避免內亂，同意將政權歸還給朝廷（大政奉還）。不過，倒幕派深怕慶喜攬權再起，因而發動政變鎮壓朝廷，宣告設立新政府（王政復古大號令），同時也決議慶喜應歸還領地、辭去內大臣官職（辭官納地）。不出所料，反對此事的舊幕府軍與新政府軍兩相交戰（鳥羽．伏見之戰），戰事一路延燒，直到舊幕府軍在函館的五稜郭投降為止（戊辰戰爭）。

在與舊幕府軍對戰期間，新政府發佈《五條誓文》，宣告由天皇主導國家的新政治基礎；江戶改稱東京，年號改為明治。此外更將東京定為新首都，天皇和政府雙雙遷入。接著，新政府實施「版籍奉還」，令眾大名將土地和人民交還朝廷；並推行「廢藩置縣」，將藩廢除，劃設府縣；另外也自中央派遣府知事、治理縣的縣令等首長，逐步樹立行政體系。

另外，過往公家和藩主曾被列為華族，武士則列為氏族，跟農民、鎮民等平民有所區別；此時的社會則逐漸邁向平等，幾乎不再受階級制度所限。在短期內尚可看見武士如過往般在腰間插著雙刀，但其在外觀方面的特權隨後也遭廢止，除在特別場合外禁止持刀（廢刀令）。