但是，第6代将军足利义教被暗杀后，将军的向心力下降，由很有威望的领主的主导权之争，和地方各地领主外加农民也卷入其中，分成两路展开了战争（应仁之乱）。这场战乱持续了11年，成为主战场的京都开始荒废，幕府的势力也日渐减弱。并且，在各地确立了独自的支配权的领主与周围的领主争夺，逐渐扩大领国，取得了更大范围地域统一的权力。

其中织田信长几乎实现了天下统一。信长虽是尾张（爱知县西部）西南部的一个地方领主的嫡子，但继承了家督之位，讨伐了骏河（静冈县）的今川义元，与三河（爱知县东部）的德川家康结成同盟，逐渐巩固了尾张的支配，打破了犬山城的织田信清，从而统一了尾张。之后，消灭美浓（岐阜县）的斋藤氏，以岐阜为据点，扩大势力。并且，迎接丢失实权辗转各地的足利义昭进入京都，跟随将军重建幕府。但是，义昭背离了信长的意愿，独自从政，终于和其他的领主们合并，想要打倒信长，于是从畿内被驱逐出境。