不過，在第六代將軍足利義教遭人暗殺後，將軍的凝聚力量跌墜，重量級大名爭奪主導權等，導致地方大名和農民也被捲入其中，演變成兩大派系的戰事（應仁之亂）。這場戰亂持續長達11年，京都因成為主戰場而荒廢，幕府也力量漸失。接著，各地獨攬統治權的大名，與其周遭的大名相爭，並逐步擴張領國，成為統一廣大地域的權力單位。

於此之中，織田信長差一點就成功統一天下。信長生為尾張（愛知縣西部）西南部一位地方大名的嫡長子，他甫繼承家業，便出兵拿下駿河（靜岡縣）的今川義元，並與三河（愛知縣東部）的德川家康結盟等，漸次鞏固其在尾張的支配力道。他擊敗犬山城的織田信清，統一了尾張。其後，信長滅亡美濃（歧阜縣）的齋藤氏，以歧阜為據點，一步步擴張勢力。接著，信長將失去實權後在各地漂泊的足利義昭迎入京都，封為將軍，令幕府再度興起。然而，義昭卻違反信長之意擅自為政，最終召集其他大名試圖扳倒信長，因而遭逐出京城。