Vainqueur de la bataille de Sekigahara, Ieyasu a hérité de la réalité du pouvoir. Il a pris Edo comme capitale de son shogunat. Pour assoir son pouvoir, il a réprimé les seigneurs récalcitrants en déposant leurs lignées, puis en confisquant et en redistribuant leurs terres. Après avoir défait les Toyotomi après la campagne d’Osaka en 1615, le shogunat a, entre autre, instauré la loi  d’ « une province un château » pour d’autant mieux contrôler ses vassaux.

Mais les civils étaient souvent mécontents de ce gouvernement militaire et les révoltes étaient fréquentes. Les samourais, sans maîtres quand ceux-ci était déchus, devenaient ronins et faisaient régner une certaine insécurité. L’autorité du gouvernement militaire en était continuellement contestée.

Pour y remédier, le shogunat a entrepris de convertir les samourais à la culture raffinée et à la verticalité. Il s’est voulu un shogunat protecteur de la population, surtout lors des désastres naturels et des famines. C’était la Pax Tokugawa.

Mais alors que le Japon s’était fortement fermé aux relations extérieux, il y est à nouveau forcé par les Occidentaux au milieu du 19ème siècle. Certains seigneurs en ont été mécontents, ont considéré le shogunat faible et ont donc entrepris de le renverser. Choshu (département de Yamaguchi), Satsuma (département de Kagoshima) ont combattu les Occidentaux (batailles de Shimonoseki et bombardement de Kagoshima). Ces provinces ont alors compris la différence de puissance entre le Japon et les pays occidentaux.

Le shogun Yoshinobu rend la réalité du pouvoir à la maison impériale pour éviter la guerre civile. Ses opposants se sont alors empressés d’acter officiellement sa démission et de promulguer l’acte officiel de restauration du pouvoir impérial. Les partisans de l’ancien pouvoir shogunal se sont rebellé lors de la guerre de Boshin. Ils se sont engagés dans plusieurs batailles comme à Toba-Fushimi jusqu’à perdre définitivement à la forteresse de Hakodate.