โทคุงาวะ อิเอยาสุ หลังได้รับชัยชนะในยุทธการเซคิกาฮาระก็ได้ตั้งตนขึ้นเป็นผู้ครองอำนาจสูงสุด พร้อมทั้งจัดตั้งรัฐบาลทหารขึ้นมาโดยมีศูนย์กลางอยู่ที่แคว้นเอโดะ (“รัฐบาลโชกุนเอโดะ”) และคอยใช้อำนาจทางการทหารในกำมือเข้าควบคุมเหล่าขุนนางเอาไว้ โดยมีบทลงโทษรุนแรงสำหรับผู้ที่คิดแข็งข้อหรือไม่ยอมเชื่อฟังคำสั่งจะถูกปลดออกจากตำแหน่งและโดนริบทรัพย์สินที่ดินคืน ซึ่งภายหลังจากทำศึกกับตระกูลโทโยโทมิ (“การปิดล้อมโอซาก้า”) และกำจัดฝ่ายตรงข้ามลงจนไม่เหลือเสี้ยนหนามแล้ว รัฐบาลโชกุนก็ประกาศออกกฎหมายซามูไรว่าด้วยการกำหนดให้ในหนึ่งแคว้นมีปราสาทได้เพียงแค่หลังเดียวเท่านั้น และมีการเพิ่มข้อบังคับอีกหลายประการเพื่อให้ง่ายต่อการปกครองเหล่าขุนนางใต้อาณัติ

ทว่าเมื่อชาวบ้านต้องทนทุกข์จากการโดนใช้กำลังทหารกดขี่มานานก็ไม่แปลกที่วันหนึ่งพวกเขาจะเลือกจับอาวุธและลุกฮือขึ้นก่อกบฏ ประกอบกับความปลอดภัยของสังคม ณ ขณะนั้นเริ่มสั่นคลอนอย่างหนักเนื่องจากซามูไรหลายคนต้องกลายเป็นนักรบตกอับเร่ร่อน (“โรนิน”) เพราะสูญเสียเจ้านายไปใต้น้ำมือของรัฐบาล กระทั่งเกิดเป็นความพยายามจะล้มล้างรัฐบาลโชกุน

ด้วยเหตุนั้นเองทำให้รัฐบาลโชกุนพยายามจะเปลี่ยนแปลงค่านิยมของซามูไรเสียใหม่ จากเดิมที่เคยวัดกันที่พละกำลังก็ทดแทนด้วยการปลูกฝังให้มีมารยาทและรู้จักเคารพให้ความสำคัญกับลำดับอาวุโสเป็นหลัก นับแต่นั้นมาจึงค่อย ๆ เปลี่ยนกลายเป็นประเทศ (รัฐบาลโชกุน) ที่พยายามจะปกป้องดูแลประชาชนไว้อย่างดี ทั้งยังช่วยประคับประคองชาติให้รอดพ้นจากความอดอยากและภัยพิบัติทางธรรมชาติต่าง ๆ นา ๆ จนถึงขนาดเรียกขานกันว่าเป็น “Pax Tokugawana (สันติภาพของโทคุงาวะ)” หรือยุคแห่งความสงบสุขไร้สงครามเลยทีเดียว

อย่างไรก็ตามด้วยความที่รัฐบาลโชกุนยอมค้าขายกับต่างชาติอยู่เพียงไม่กี่ประเทศเท่านั้น จึงเกิดเป็นความโกลาหลขึ้นมาเมื่อมีการกดดันจากชาติตะวันตกเรียกร้องให้ญี่ปุ่นเปิดประเทศเสียที จนรัฐบาลโชกุนจำต้องเปิดประเทศเพื่อเลี่ยงสงคราม แต่นั่นก็เป็นตัวจุดชนวนให้เหล่าซามูไรที่ไม่พอใจในท่าทีดังกล่าวออกมาขับไล่ชาวต่างชาติและพยายามจะโค่นล้มรัฐบาลโชกุนที่เริ่มอ่อนแอลง นำไปสู่การเกิดสงครามข้อพิพาทกับกองทัพของชาติตะวันตก (“เหตุการณ์ที่ช่องแคบชิโมโนเซกิ” และ “การระดมยิงคาโกชิม่า”) ที่แคว้นโจชู (จ.ยามากุจิ) และแคว้นซัตสึมะ (จ.คาโกชิม่า) ซึ่งผลที่ออกมาคือญี่ปุ่นต้องพบกับความปราชัยในศึกทั้งคู่ คนจึงเริ่มตระหนักได้ถึงแสนยานุภาพทางการทหารที่เหนือกว่าของกองทัพชาติตะวันตกแล้วเบนเข็มไปสู่การก่อกบฏล้มล้างรัฐบาลโชกุนแทน

ต่อมา “โชกุนโยชิโนบุ” ถูกกลุ่มกบฏต้อนเสียจนมุมเลยตัดสินใจคืนอำนาจการปกครองให้ฝ่ายราชสำนักเพื่อเลี่ยงสงครามกลางเมือง (“การถวายคืนพระราชอำนาจต่อจักรพรรดิเมจิ”) ทว่ากลุ่มกบฏนั้นกลัวว่าโยชิโนบุจะย้อนรอยฟื้นคืนอำนาจกลับมาอีกจึงพยายามจะก่อเหตุปฏิวัติทางการเมืองและเข้าควบคุมราชสำนักเอาไว้ โดยการประกาศจัดตั้งรัฐบาลใหม่ขึ้นเสียเอง (“พระราชกฤษฎีกาฟื้นฟูอำนาจสถาบันกษัตริย์”) ในจังหวะเดียวกับที่โยชิโนบุมีกำหนดจะลาออกจากตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยของญี่ปุ่น และจะให้เวนคืนอาณาเขตที่ดินของตนอยู่พอดี (ลาออกและคืนที่ดิน) ลงท้ายเลยกลายเป็นการปะทะกันระหว่างฝ่าย “กองทัพรัฐบาลโชกุนเก่า” กับ “กองทัพรัฐบาลใหม่” (“ยุทธการโทบะ–ฟูชิมิ”) รบกันต่อเนื่องไปจนกระทั่งทัพรัฐบาลโชกุนเก่ายอมจำนนที่ “โกเรียวคาคุ” ป้อมปราการรูปดาวในแคว้นฮาโกดาเตะ (“สงครามโบชิน”)