在與舊幕府軍對戰期間，新政府發佈《五條誓文》，宣告由天皇主導國家的新政治基礎；江戶改稱東京，年號改為明治。此外更將東京定為新首都，天皇和政府雙雙遷入。接著，新政府實施「版籍奉還」，令眾大名將土地和人民交還朝廷；並推行「廢藩置縣」，將藩廢除，劃設府縣；另外也自中央派遣府知事、治理縣的縣令等首長，逐步樹立行政體系。

另外，過往公家和藩主曾被列為華族，武士則列為氏族，跟農民、鎮民等平民有所區別；此時的社會則逐漸邁向平等，幾乎不再受階級制度所限。在短期內尚可看見武士如過往般在腰間插著雙刀，但其在外觀方面的特權隨後也遭廢止，除在特別場合外禁止持刀（廢刀令）。